Elert wurde in der damaligen preu©¬ischen Provinz Sachsen, auf dem Gebiet des heutigen Thüringen, geboren, wuchs aber in Norddeutschland auf. Nach dem Besuch des Realgymnasiums in Harburg und des Gymnasiums in Husum studierte er Theologie, Philosophie, Geschichte, deutsche Literaturgeschichte, Psychologie und Rechtswissenschaft in Breslau, Erlangen und Leipzig. Er wurde in in Erlangen zunächst in Philosophie, dann auch in Theologie promoviert.[1]
Nach einer kurzen Zeit als Hauslehrer im Baltikum (Livland), war er von 1912 bis 1919 Pastor im pommerschen Seefeld, den Ersten Weltkrieg erlebte er als Feldprediger an verschiedenen Fronten.
1919 wurde Elert Direktor des altlutherischen theologischen Seminars in Breslau. 1923 erfolgte die Berufung auf den Lehrstuhl für Kirchengeschichte der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen. Seit 1932 vertrat er die Systematischen Theologie. Im akademischen Jahr 1926/27 war er Rektor der Universität, 1928/29 und von 1935-43 Dekan der Theologischen Fakultät.
1953 wurde Elert emeritiert. Er starb während des darauffolgenden Jahres im 70. Lebensjahr überraschend an den Folgen einer Operation.
Sein ehemaliges Wohnhaus in Erlangen, Hindenburgstra©¬e 44, ist heute als Theologisches Studienhaus „Werner-Elert-Heim¡° im Besitz der Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern.
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